Die Höhe der monatlichen Kirchenlohnsteuer ist von der Einkommenssteuer bzw. der Lohnsteuer unter Berücksichtigung der Kinderfreibeträge und von dem Kirchensteuerhebesatz abhängig, wobei es zwischen den einzelnen Bundesländern Differenzen gibt. Die tatsächlich auszurichtende Kirchensteuer, welche die zuständigen Finanzämter einbeziehen, wird zum Ende eines Jahres neu berechnet. Daraufhin ist im Rahmen Veranlagung zur Einkommensteuer bzw. des Lohnsteuerjahresausgleichs eine Erstattung oder Nachzahlung möglich.